У Секретаријату Министарства обављају се послови од значаја за рад Министарства а везани су за кадровска, финансијска и друга питања, као и усклађивање рада унутрашњих јединица, остваривање сарадње са другим министарствима, посебним организацијама, као и друге послове из делокруга Секретаријата Министарства.
ГРУПА ЗА ФИНАНСИЈСКО ПЛАНИРАЊЕ И ПРИПРЕМУ БУЏЕТА
У Групи за финансијско планирање и припрему буџета обављају се послови који обухватају: израду нацрта закона и других прописа којима се уређује буџетско планирање и финансирање у здравству; израду предлога буџета и финансијског плана; планирање, прикупљање, обрада, израда критеријума и мерила за утврђивање приоритетних програма и пројеката који ће се финансирати из средстава буџета; утврђивање расхода за приоритетне програме и пројекте који се финансирају из средстава буџета; прикупљање и консолидација свих релевантних података којима се исказују реалне потребе за финансирање из средстава буџета; израда предлога свих финансијских докумената који се достављају Министарству финансија на сагласност у циљу извршења програма и пројеката; израда ребаланса буџета; давање предлога за прерасподелу средстава у оквиру програма; утврђивање предлога буџетског меморандума; израда базе података из надлежности Групе; сарадња са другим државним органима и организацијама, здравственим установама и факултетима здравствене струке, као и друге послове из делокруга Групе.
ГРУПА ЗА ИЗВРШЕЊЕ БУЏЕТА
У Групи за извршење буџета обављају се послови који обухватају: извршење буџета и утврђивање месечних квота; праћење изворних прихода и њихова реализација; праћење извршења буџета у складу са утврђеним апропријацијама; припрему и израду извештаја о реализацији буџета и финансијског плана периодично и на годишњем нивоу; праћење пројеката и програма буџетских корисника у делу финансирања; контрола и оцењивање програма и пројеката инвестиција у здравству који ће се финансирати из средстава буџета, као и из средстава Националног инвестиционог плана; припрему документације за плаћање у делу извршења буџета; контролу и ажурирање података о употреби службених возила и евиденције о службеним путовањима, као и друге послове из делокруга Групе.
ГРУПА ЗА РАЧУНОВОДСТВО И КЊИГОВОДСТВО
У Групи за рачуноводство и књиговодство обављају се послови који обухватају: припрему документације за контирање и књижење у складу са контним планом и контним оквиром за буџетске кориснике; вођење помоћних књига и евиденција; вођење главне књиге у складу са Законом о буџетском систему, Уредбом о буџетском рачуноводству и интерним општим актом; усклађивање стања у књиговодственој евиденцији са стањем у евиденцији Управе за трезор; преузимање документације и књижење донаторских рачуна; преузимање документације и књижење пословних промена јединица које су повезане са Министарством; припрему документације за обрачун плата и других накнада за лична примања запослених; припрему и обрачун документације за исплату путних налога за службена путовања у земљи и иностранству; припрему и обрачун документације за исплату уговора о делу; израду периодичних извештаја и завршног рачуна, као и друге послове из делокруга Групе.
ГРУПА ЗА ПРАВНЕ И ОПШТЕ ПОСЛОВЕ
У Групи за правне и опште послове обављају се послови који обухватају: правна обрада и обједињавање мишљења сектора на нацрте и предлоге закона и других прописа које припремају друга министарства, други државни органи и посебне организације; развијање и унапређење система и процедура рада; припрему одговора на тужбе за судске спорове; припрему плана рада и извештаја о остваривању плана рада Министарства; припрему информације о раду Министарства; припрему предлога плана одбране и предлога плана мобилизације; учешће у планирању и спровођењу мера и задатака цивилне заштите и изради и спровођењу плана заштите и спасавања у ванредним ситуацијама; припрему одговора на захтеве тражиоца информација у складу са прописима о доступности информација од јавног значаја и израду информатора о раду Министарства; израду годишњег извештаја поверенику за информације од јавног значаја; канцеларијско – евиденционе послове, као и друге послове из делокруга Групе.
ГРУПА ЗА УПРАВЉАЊЕ КАДРОВИМА
У Групи за управљање кадровима обављају се послови који обухватају: развијање и унапређење система и процедура рада из области управљања кадровима; кадровско планирање и анализа испуњавања кадровског плана; селекција и избор кадрова; обука, оцењивање, награђивање и развој каријере државних службеника; припрема предлога решења и других аката о правима, дужностима и одговорностима државних службеника и намештеника; припрема предлога општег акта којим се прописује унутрашње уређење и систематизација радних места у Министарству, као и друге послове из делокруга Групе.